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这种类型的活检是通过一个自然内孔（即直肠）或一个小切口通过一个光纤内窥镜（一根细长的管子，末端有一个紧密聚焦的光学视管进行观察）进行的。内窥镜用于查看有问题的器官的异常或可疑区域，以获取少量组织进行研究。为要可视化和/或治疗的器官或身体部位命名内窥镜检查程序。医师可以将内窥镜插入胃肠道（消化内窥镜），膀胱（膀胱镜），腹腔（腹腔镜），关节腔（关节镜），胸部中部（纵隔镜）或气管和支气管系统（喉镜）和支气管镜）。
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