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像许多发明创造，今天有在仍然存在与原发明的起源纠纷。同样的争议适用于谁发明了显微镜。
其历史可以追溯到玻璃时，首先发明了一世纪，罗马的被调查使用的玻璃，以及如何通过它观察对象，取得了物体显得更大。
然后，在13世纪 Salvino D'Armate来自意大利，所取得的第一只眼睛的玻璃，提供与放大的元件穿着者一只眼睛。
最早的简单形式的倍率进行放大镜，通常约6倍 - 10倍，并用于检测小昆虫如跳蚤，因而这些早期的放大镜称为“跳蚤眼镜”。
然后，在1590年代，两位荷兰眼镜制造商，撒迦利亚·詹森和他的父亲汉斯开始与这些镜头进行试验。他们把几个镜头在管中提出了一个非常重要的发现。邻近所述管的端部的目的似乎是显着放大，比任何简单的放大镜由本身可以实现大得多。
他们的第一个显微镜更新奇的不是一个科学的工具，因为最大放大倍率大约只有9倍，图像是有些模糊。 虽然没有扬森显微镜存活，荷兰皇室制作的文书被形容为“3滑动管，为18mm英寸长，当完全展开，两英寸直径”被组成。 该显微镜说有3倍的倍率时完全关闭，而当9X完全伸展。
虽然普通的放大镜基本上都是简单的显微镜，当我们谈到显微镜的发明，我们真正的意思的“复式显微镜”。 复合显微镜具有两个或更多个透镜，由中空圆筒（管）连接。 顶级镜头，一个人期待通过，被称为目镜。 底部透镜被称为物镜。 所以今天，当我们说“显微镜”，我们真正的意思是“复式显微镜”。
有一种所谓的“物镜”透镜产生一个初级放大图像。 然后还有另外一个透镜称为“目镜”或“眼”，它放大该第一图像。 在实际应用中，有用于两个物镜和目镜几个透镜，但原则是，两个阶段的放大倍数。
据认为，撒迦利亚詹森的父亲汉斯，帮助他建立的第一个显微镜1595撒迦利亚写信给荷兰外交官，威廉Boreel，对发明。当法国国王的医生询问发明的1650年代，讲述Boreel显微镜的设计。
这是安东·列文虎克（1632年至1723年），荷兰和布店科学家，显微镜的先驱谁在17世纪后期成为第一个制造和使用一个真正的显微镜之一。
列文虎克通过发展的方式，使卓越的镜头，研磨和抛光五百五十镜头使他的新镜头筒是有270X的放大率达到比他同时代的更大的成功，并可以查看对象一米的百万分之一（其它显微镜当时很幸运的实现50X的放大倍率）。
列文虎克用做他的显微镜许多生物的发现。 他是第一个看到并描述细菌，酵母厂，一滴水拥挤的生活，和血细胞的毛细血管中的血液循环。在很长的寿命，他用他的镜头做先驱研究上一个非凡的各种事物，生物和非生活，并报告了他的发现在超过百信英国皇家学会和法国科学院院士。
凡Leewenhoek的工作进行了验证，并通过英国科学家罗伯特·胡克，谁发表研究微观的第一个工作进一步发展，写字过小，在1665年罗伯特·胡克的详细研究进一步推动研究微生物在英格兰和先进的生物科学为一体的领域。
罗伯特·胡克发表在写字过小1665年是他最有名的作品是显着的令人惊叹的插图，由胡克亲自绘制。Microphagia通过使用显微镜呈现胡克观测多个帐户。 他看着各种各样的东西（雪，针，剃刀等）与原始复式显微镜，但他最显著观测的跳蚤和软木做。他观察跳蚤显微镜下，能够观察到微小的毛发上的跳蚤的身体。 科克他看到毛孔。 经检验毛孔，他决定叫他们“细胞”; 然而，他不知道，他刚刚发现植物细胞。
尽管这些显微镜的巨大成就，显微镜并没有太大变化，在未来200年中，即使观察物体时，有缺陷，由于不同的光的折射。 在19世纪50年代，德国工程师卡尔·蔡司开始做改进，以他自己制造的显微镜使用的镜头。 在19世纪80年代，蔡司聘请专业玻璃奥托·肖特，谁对光学玻璃进行了研究，极大地促进了显微镜的光学质量的提高。
我们还应该提到恩斯特阿贝，被聘为蔡司改善光学仪器，其当时主要是基于试验和错误的制造过程。 在一个长期和富有成效的合作，阿贝进行了光学原理的理论研究，提高显微镜的光学质量的认识。
随着技术和改进光学的进步，因为我们今天所知道的显微镜应运而生。
理论最小尺寸能够通过光学显微镜观察为200nm（由阿贝定义），由于光学显微镜只能够专注于该至少光的波长（通常的大小，约550nm的波长的对象假设）。
电子显微镜，与此相反，可以放大图像数千倍小于光的波长。
