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生物通报道：4月20日，2016自然指数排行榜（Nature Index 2016 Tables）正式发布，此次排行榜内容根据2015年1月1日-2015年12月31日数据整理，分为研究机构排行榜，国家地区排行榜，学术研究院排行榜，合作研究院排行榜，以及化学，地球环境科学，物理和生命科学排行榜。
在生命科学研究领域，排名第一的是哈佛大学，其次美国国立卫生研究院NIH，第三是斯坦福大学，排名前十位中，唯一入选的亚洲研究机构就是中科院，以下是前十名排名：
中国科学院是1949年伴随着新中国的诞生而成立的，这一庞大的研究机构目前拥有12个分院、100多家科研院所、3所大学（与上海市共建上海科技大学）、130多个国家级重点实验室和工程中心、210多个野外观测台站，承担20余项国家重大科技基础设施的建设与运行，正式职工6.8万余人，在学研究生5.2万余人。Natureindex网站重点介绍了百人计划、学术带头人相关政策、千人计划、青年百年/千年计划等。
过去一年中，中科院系统发表了多篇Nature文章，其中包括人类P2Y1受体的三维结构，DNA甲基化作用新机制，抗生素林可霉素生物合成等多方面内容。
Metabolic coupling of two small-molecule thiols programs the biosynthesis of lincomycin A
小分子硫醇是一类带有巯基官能团的有机化合物，广泛存在于动物、植物和微生物等几乎所有生物体系中。长期以来，无论是在化学家还是在生物学家眼中，这些“硫醇兄弟”主要发挥着“清道夫”的生理作用。
中科院上海有机化学研究所刘文团队的一项新发现突破了有关小分子硫醇生理作用的认知禁锢：即小分子硫醇不但可以充当广为人知的“保护性”角色，而且可以前所未有地扮演“建设性”的角色，用于指导和参与活性功能分子的体内组装。
研究团队发现，小分子硫醇通过两个罕见的S-糖苷化反应主导了林可霉素的生物合成进程，不但代表了麦角硫因参与生化反应的首个范例，而且提供了一种放线硫醇依赖的硫元素引入新模式。
Structural insight into substrate preference for TET-mediated oxidation
这一研究论文首次报道了TET蛋白对三种DNA甲基化衍生物不同催化活性的分子机制，为基因组中5-羟甲基胞嘧啶相对稳定存在提供了分子水平的解释。
TET蛋白对5mC具备很高活性(产生5hmC)，而对5hmC(产生5fC)和5fC(产生5caC)的活性很低。TET蛋白就如同连续的三个扶梯，在转化不同碱基的情况下，其转化速度明显不同，导致产生较多的5hmC和少量的5fC及5caC。研究人员通过结构研究发现，5mC在TET蛋白催化口袋中的取向使得它很容易被催化活性中心俘获并被氧化为5hmC。5hmC和5fC由于已经有氧的存在，其在催化口袋中被限制住，不容易发生进一步的氧化反应，导致TET蛋白对这两种碱基活性降低。在这样的催化能力差异下，TET会很顺利将5mC产生5hmC，一旦5hmC产生，TET将不容易使其进一步氧化为5fC和5caC，导致细胞内5hmC相对稳定，并且其含量远远高于5fC和5caC。在特定的基因中区域，TET蛋白可能被特定的调控因子激活，会跨越能垒阻碍产生高活性的TET，连续氧化为5fC和5caC。这使得5mC在TET蛋白催化下更容易被氧化为5hmC。这一发现解决了困扰表观遗传学领域的一个难题，也为揭示其他蛋白质逐步催化反应的分子机制提供了新思路和新方法。
这项研究由复旦大学徐彦辉课题组与中国科学院药物所罗成课题组合作完成。
Two disparate ligand-binding sites in the human P2Y1 receptor
中科院上海药物所在嘌呤能受体P2Y1R结构生物学领域再次取得突破性进展，首次测定了该受体蛋白的高分辨率三维结构，并揭示了P2Y1R抑制剂分子的作用机理，为研究治疗血栓性疾病新药提供了重要依据，同时将开启G蛋白偶联受体（GPCR）药物研发的新方向。
此前，上海药物所研究团队成功解析了P2Y12R受体的三维结构，首次揭示了嘌呤能受体与药物分子的结合方式。在此基础上，该团队进一步解析了P2Y1R分别与核苷酸类抑制剂MRS2500和非核苷酸类抑制剂BPTU结合的复合物三维结构。通过分析P2Y1R结构，研究人员获得了许多重要的发现，包括P2Y1R同时具有完全不同的两个药物分子作用位点，并且两种抑制剂与受体的作用机制显著区别于对GPCR的传统认知。
