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为了将光漂白的影响降至最低，荧光显微镜可以与对荧光染料无破坏性的其他技术（如微分干涉（DIC），霍夫曼（HMC），透射暗场照明和相差）相结合。
这个想法是使用无损对比增强技术在样本中找到特定的感兴趣区域，然后在不重新定位样本的情况下，将显微镜切换到荧光模式。这种类型的典型实验结果如图1所示。图1（a）显示了使用相差光学成像的单层组织培养物中的3T3成纤维细胞。该细胞系由瑞士小鼠胚胎细胞的国立卫生研究院（National Institutes of Health）线建立，该细胞高度接触抑制，可用于涉及肉瘤病毒形成和白血病病毒繁殖的研究。图1（b）中的显微照片显示了相同的视场，但是这次使用荧光照明（汞蒸气灯和奥林巴斯WU激发块）成像，细胞被荧光染料4'，6-二脒基-2-苯基吲哚（DAPI ）一种核酸特异性染料，其发射最大值为461纳米，用于选择性染色细胞核和染色质。图1（c）举例说明了两种技术的结合使用，以产生荧光染色的3T3细胞核的美丽的显微照片，该细胞核叠加在成纤维细胞细胞膜和内部细胞器的相差图像上。该图像用专门设计了相差环的萤石物镜记录，以允许同一物镜同时观察荧光和相差。图1（c）举例说明了两种技术的结合使用，以产生荧光染色的3T3细胞核的美丽的显微照片，该细胞核叠加在成纤维细胞细胞膜和内部细胞器的相差图像上。该图像用专门设计了相差环的萤石物镜记录，以允许同一物镜同时观察荧光和相差。图1（c）举例说明了两种技术的结合使用，以产生荧光染色的3T3细胞核的美丽的显微照片，叠加在成纤维细胞细胞膜和内部细胞器的相差图像上。该图像用专门设计了相差环的萤石物镜记录，以允许同一物镜同时观察荧光和相差。
图2中示出了通常用于同时使用相差和荧光照射对样品进行成像的显微镜配置。相差使用由安装在显微镜基座上的灯箱中的钨卤素灯提供的透射光进行。穿过视场光阑的光被反射镜反射到底下聚光镜并通过适当尺寸的相差环。
由样本衍射的光首先通过位于物镜后焦平面内的相差板，然后通过未衍射的光通过样本，干涉中间像平面。同时，由汞燃烧器发出的紫外光通过激发滤光器，然后由分色镜从上面反射到样品上。由附着于染色样本的发色团发出的二次荧光被物镜捕获，并通过屏障过滤器进入目镜和/或观察筒。此配置可用于单独或组合使用技术（荧光和相差）对样品进行成像。
