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具有倒置显微镜主要设计用于组织培养应用，并且能够通过镜面和光学路径产生荧光照明。Epi照明器通常由位于镜框后部端口的水银或氙气灯箱（或激光系统）组成。弧光灯发出的荧光通过收集器透镜进入一个立方体，该立方体包含一组干涉滤光片，包括二向色镜，势垒滤光片和激发滤光片。从二向色镜反射的光的波长受到激发滤光片的限制，并进入物镜（现在用作聚光镜），使样品沐浴在照明锥中，照明锥的大小和形状由物镜数值孔径确定。标本发出的二次荧光通过物镜，分色镜和屏障滤镜返回，然后通过显微镜光学系统。上面介绍的显微镜包含一个三目观察管，该观察管配备有端口和延伸管，用于安装传统的或CCD照相机系统（图示为Peltier冷却的CCD照相机）。位于显微镜前部底座附近的另一个端口也可以用作摄像头系统的连接点（图中显示了传统的35mm摄像头）。在上图中，广谱荧光照明被过滤以产生窄带宽的绿色激发波长，该波长能够激发样品中的特定荧光团。
透射光由位于载物台上方显微镜柱上的卤素钨灯座提供。来自灯箱的光穿过聚光镜，一系列滤光片和视场光阑，然后进入聚光镜前孔。在被聚光镜元件聚焦后，透射光会投射到放置在平台上的样本上。被样品衍射，折射且未被吸收的光继续通过物镜并进入显微镜光学系统，然后可以将其导向目镜或摄像系统。
