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共聚焦显微镜与传统的宽视野荧光显微镜相比具有几个优势，包括控制景深的能力，消除或减少远离焦平面的背景信息（导致图像质量下降）以及从厚膜收集连续光学切片的能力标本。共聚焦方法的基本关键是使用空间滤波技术，以消除厚度超过焦平面尺寸的样本中的散焦光或眩光。本互动教程探讨并比较了在共聚焦显微镜和宽视野荧光显微镜下观察时标本之间的差异。
本教程首先从出现在宽视野（Widefield Image）和共聚焦（Confocal Image）标本图像窗口中的第1组中随机选择的标本进行初始化。为了操作本教程，请使用“聚焦”，“亮度”，“ Z轴位置”和“ PMT通道增益”滑块在不同的焦平面和强度水平下检查样本。启用“聚焦锁定”复选框时，同时使用广角和共聚焦聚焦滑块，以比较每种技术在相似焦平面处收集的图像。该扫描线速度滑块控制共焦图像的扫描速度，而“针孔孔径大小”单选按钮可用于在小（1艾里单位），中（4艾里单位）和大（20艾里单位）针孔尺寸之间切换。使用“标本设置”单选按钮和“选择标本”下拉菜单，可以观察到三组标本。
在常规的宽视场光学落射荧光显微镜中，标本发出的二次荧光经常通过激发体积发生，并且掩盖了物镜焦平面中的特征的分辨率。较厚的标本（大于2微米）使问题更加复杂，标本通常显示出很高的荧光发射率，大部分细节都丢失了。共聚焦显微镜仅在轴向（z；沿光轴）和横向（x和y）上均提供了少量改善; 光学分辨率，但能够从结果图像中排除从焦平面移出的区域中的二次荧光。尽管共聚焦显微镜的分辨率比常规的宽视野技术有所提高，但仍远低于透射电子显微镜的分辨率。在这方面，共聚焦显微镜可以被认为是这两种经典方法之间的桥梁。
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